中藥房隨東直門醫院建立已有四十多年的歷史，藥材種類齊全達八百多種，保證了醫生的處方用藥。
    藥劑科共設門診藥房、病房中、西藥房、中、西藥庫、制劑室、臨床藥學室等部門,各部門均實現網絡化管理與運行,大大提高了工作效率、減少人為差錯率。
    中西藥品種共計800余種,其中用于治療、預防肝病、愛滋病、其他感染性疾病的藥品品種多,規格全,我院自行開發研制的軟肝顆粒、龍膽降脂顆粒、退黃合劑、舒肝合劑、養肝育陰合劑等院內制劑因療效確切而廣泛應用于臨床,受到患者的歡迎,申報國家級新藥的工作也在同步進行。
    作為三級甲等醫院,我院有完善的藥事管理制度,藥事管理委員會根據《藥品管理法》的相關要求對藥品的采購、儲存、發放、使用進行全程監督與管理,杜絕假冒偽劣藥品進入醫院,保證臨床用藥的安全、合理、有效,健全的新藥引進制度使我院的?？朴盟幣c國際水平同步發展,為臨床新技術、新療法的使用保駕護航。
    藥劑科各部門規章制度完備,藥房窗口嚴格執行“三查七對”制度,保證發放藥品的準確。
藥品調劑的一般程序如下:
醫師處方----處方審查----合格處方劃價,不合格處方退回由醫師修改 ----
收費處付款----藥房處方調配----核對----發藥并交代用法用量 
患者用藥須知:
1、2002年12月1日起,所有藥品包裝上均應標注藥品的使用期限,未標注使用期限請勿接受。
2、某些藥品有特殊的儲存條件,如:避光保存、冷藏保存等,藥師會在發藥時向您交代,請遵照執行。
3、藥品服用方法藥師會在發藥時向您交代,如:一日三次,一次一片,飯前或飯后服用,中西藥一般不同時服用,應相隔半小時等。
4、某些特殊藥品有其特殊的給藥途徑,如:舌下含服,皮膚局部給藥、肛門給藥等,藥師會在發藥時向您交代，請遵照執行。
5、藥品取回家后,如家庭成員中有小兒,應把藥品存放于小兒不宜拿到處。
6、某些藥品為避免受潮,會在藥品容器內放置小袋干燥劑,藥師會在發藥時向您交代,注意避免誤服。
7、請不要將您的藥物因為“癥狀相似”就應用于其他人。
8、醫生給您的處方的任何一種藥物的用法用量及服用時間,請不要隨便改變,除非發生不良反應,這也應及時告之醫生。
9、醫生開的處方有效期限為三天,因特殊原因您不能當天取藥,請于三天內到醫院取藥,否則根據規定,您的處方將失效,只能重新掛號開藥。
10、為避免不必要的麻煩,請您在接到藥房窗,發出的藥品后,當面清點藥品的品名與數量,有外包裝的請打開清點,保證準確無誤后再行拿走。
11、根據衛生部2002年1月21日頒發的《醫療機構藥事管理暫行規定》第二十七條規定,為保證患者用藥安全,藥品一經發出,不得退換。